Visando a transparência de suas operações de apoio à formação de recursos humanos a CAPES adota a partir do mês de junho de 2004 uma nova rotina de procedimento: a divulgação em seu sítio na internet de informação sobre todos os repasses mensalmente efetuados para as Pró-Reitorias de Pós-Graduação (ou órgão equivalente) das Instituições de Ensino Superior com finalidade de pagamento de bolsas de mestrado e doutorado no país. A sistemática adotada pela CAPES prioriza o apoio institucional. Por isso todos os recursos de custeio são repassados para as referidas Pró-Reitorias de Pós-Graduação (ou órgão equivalente) das Instituições de Ensino Superior, que têm a incumbência de efetivar os créditos nas contas individuais dos bolsistas.